个人看法，不一定对。
因为1947年胡宗南攻占延安，《解放日报》停刊，在一段时间以内，中共是没有机关报的，1948年，中共中央转移到河北西柏坡，以华北局机关报《人民日报》为代党报，然后就近开到北京，身份转正。
既然已经确立了是《人民日报》，那也没必要再改回去，所以《解放日报》复刊后就不能是中央机关报了。
《新华日报》历史上版本很多，最知名的重庆版本在1947年被停刊，1949年在南京复刊，实际上也就是借个名字，不一定有什么传承。我估计中共的考虑是不浪费已经拥有的品牌效应，所以就把《解放日报》放到上海，《新华日报》放到江苏了，都是最重要的原国统区。
我个人觉得，这些报纸本身的历史传统定位区别，在机关报的身份确立中不是主要因素。报名也许是部分原因。