都是因为万恶的兼容性。
Windows 内核中默认使用的是 UTF-16，如果你写内核驱动就知道了，在内核里几乎都是以 UTF-16 的方式处理字符串的。
对于运行在应用层（用户态）的代码，Windows 允许用户通过配置确定非 Unicode 字符的显示方式，可以是中文，也可以是 BIG5，也可以是其它字符集。
为什么这么设计？因为是考虑到兼容性的问题，现在 Windows7 里，仍然能运行大量 Windows 98 时代的程序，WindowsXP 里甚至能运行不少 Windows3.x 甚至更古老的程序，原因就是为了兼容性。
题主喜欢 UTF-8，应该从 Linux 开发转过来的吧？Linux 默认我记得是 UTF-8（好像 JSP 也是？），UTF-8 和 UTF-16 哪个更好我就不细说了，这方面的争论至今都没有结果。但是 Windows 可以把应用设置成 UTF-16，之后的开发几乎没有太多的改变，我也没遇到过“这不仅导致开发程序复杂”的情况，至少 C 语言开发是这样的。所以，我看不出来 UTF-16 带来多少开发程序的不便。
为什么用 UTF-16？好像 UTF-16 出现的比 UTF-8 要早一些，微软内核选择了 UTF-16，再大改内核是非常困难的，大概是这样的。
如果题主是想讨论 UTF-8 和 UTF-16 哪个更好，建议再开个题目。
补充，反对
的回答，国家标准中只强调支持，而没有强调必须默认使用，“must conform”是“要求符合”，而没有强调默认使用（default）这个字符集，工信部的那个规范里也没有强调默认使用这一点。
遵循国家标准，也可以是把国家标准作为操作系统的子集，因为 Linux、MacOS 均支持 GB18030，并且这个默认支持的行为不需要每次开机都提示，只需要在安装时告之即可。而且微软也做过类似的事情：在欧洲销售的 WindowsXP 在安装的时候都有浏览器的选择，并提供了 Firefox 等其它浏览器的下载链接，这也是微软为了提供告之义务以规避当地的反垄断法规。而且微软即使保持对 GB18030 默认支持，对于兼容性来说也没有问题，既遵守法律，又保持兼容性，未尝不可。
另外，附上标准全文：
以及维基百科上的说明：
以及检测标准：
检测一般要求如下：
●字汇完整性：产品的字汇范围应是国家标准 GB 18030 中所有给出字形的字符；
●体系正确性：产品必须能够正确识别和处理按照国家标准 GB 18030 进行编码的文本文件。