中国知识分子最大的弱点，从古至今，是处理不好自身在权力系统中的位置。但这又很难说是知识分子的问题，更大程度上，是中国政治传统的问题。
中国古代的士人，今天的知识分子，多少都存有匡扶社稷的理想，当这个理想和统治者的目标比较一致的时候，知识分子就过得比较愉快，也能一展抱负。不过多数时候，这里面总有一些不可调和的矛盾。所以在那个权力体制里越是如鱼得水的，往往离知识分子自我标榜的理想人格就越远。
在古代，受教育是一种特权，拥有知识的人永远是少数，因而知识分子和皇家还可以说是一种互相利用的关系。到了近代，知识普及化了，更多的人有了受教育的权利，知识分子的数量越来越膨胀，个体的不可替代性越来越低，因而在某些特定的历史阶段，中国知识分子的人格地位，其实是历史上最低的。但知识和科技对今天的社会经济发展，又发挥着比历史上都更重要的作用，于是知识分子在当权者眼里越来越工具化。陈寅恪说的「独立之精神，自由之思想」，中国知识分子还远远没有实现。